Klapwijk is gebouwd in een polder. Niet zo gek dus dat er veel water aanwezig is. Hoewel de oude slotenstructuur is verdwenen fungeren de singels nu als waterafvoerend systeem. Van noord naar naar zuid wordt het water afgevoerd om via de Zweth en de Delftse Schie te eindigen in de Nieuwe Waterweg.
Om door de wijk te bewegen zijn er tal van bruggen te vinden. Deze zijn in twee soorten te verdelen. De hoge houten bruggen, en de lage brede duikerbruggen.